昨日、「素因数分解ってRでどうやるのかな」と思ってググったら、gmpというパッケージがあるようです。（ここで解説をみつけた。）
install.packages("gmp", dep=TRUE)
library(gmp)
factorize(as.bigz("●●●●")) # ●●●●のところに素因数分解したい数字を入れる
とやると一瞬でできました。
たとえば5656を素因数分解してみるとこんな感じ
> library(gmp)
> factorize(as.bigz("5656"))
Big Integer ('bigz') object of length 5:
[1] 2 2 2 7 101
ちなみに、上記の解説をみつけたページ（ここ）では、パッケージの呼び出しにlibrary()ではなくrequire()が使われていたが、両者の違いについてはここで解説されていた。あまり気にしなくていいようだ。
